Научная работа в Восточно-Сибирской государственной академии образования направлена на достижение стратегической цели вуза: осуществление образовательной деятельности на основе современных научных исследований. Научная работа позволяет удовлетворить запросы государства в получении научных и педагогических кадров высшей квалификации, запросы личности на достижение профессионального мастерства и общества (потребителей) – на получение новых знаний и инновационных образовательных технологий. Основными структурными подразделениями академии, осуществляющими научную деятельность, являются кафедры: 28 в головном вузе (г. Иркутск) и 6 – в филиале академии (г. Усть-Илимск). Кафедры ежегодно планируют научно-исследовательскую работу (НИР) преподавателей и студентов. Организационные формы научных исследований создавались и модернизировались в течение десятилетий. В настоящее время это динамичная система взаимодействия научных и научно-образовательных подразделений академии, использующих передовые технологии и инновационные разработки как основу подготовки специалистов на уровне мировых квалификационных требований. В составе кафедр существуют 9 общественных лабораторий (лаборатория физики магнитных явлений, лаборатория по проблемам гуманной педагогики, лаборатория проблем высшей школы, лаборатория инноваций в профессиональном образовании, лаборатория археологии и др.), 3 научно-образовательных центра, Международный центр азиатских исследований и другие.
   Одной из форм взаимодействия преподавателей кафедр с научной общественностью страны с целью обсуждения результатов научных исследований и проблем являются научные конференции.